Por volta de 1920, garimpeiros procedentes de Poxoréo abriram garimpos em Pombas, Coronel Ponce e iniciaram a povoação do atual município de Dom Aquino.
A primeira denominação da localidade foi Mutum, nome derivado da grande quantidade de pássaros galiformes da família dos cracídeos - os mutuns. O nome foi primeiramente dado a um córrego e depois à corrutela.
O município de Mutum foi criado pela lei estadual nº 1.196, de 22 de dezembro de 1958. Com esta denominação passou à história mato-grossense.
A lei estadual nº 2.492, de 24 de setembro de 1965, de autoria do deputado Walderson Coelho, determinou a alteração do nome do município de Mutum para Dom Aquino. Alguns segmentos da sociedade local relutaram na troca do nome. Afinal, desde o surgimento do primeiro núcleo de povoamento, a localidade teve o nome de Mutum. Com o tempo a comunidade passou a aceitar o novo termo.
O nome da cidade é homenagem a D. Francisco de Aquino Corrêa, que foi Arcebispo de Cuiabá e governante de Mato Grosso.
Dom Aquino nasceu em Cuiabá, em 1885, e faleceu em 1956, e foi o único mato-grossense a compor o quadro da Academia Brasileira de Letras, graças aos inúmeros livros que escreveu. Foi também um dos principais incentivadores à fundação da Academia Mato-grossense de Letras e do Instituto Histórico e Geográfico de Mato Grosso.

Formação Administrativa

Distrito criado pela lei estadual nº 1127, de 17-11-1958, no município de Poxoréo.
Elevado à categoria de município com a denominação de Mutum, pela lei estadual nº 1196, de 22-12-1958, desmembrado do município de Poxoréo. Sede no atual distrito Mutum (ex-povoado). Constituído 3 distritos: Mutum, Coronel Ponce e Pombas, todos desmembrados do município Poxoréo. Instalado em 31-01-1963.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Mutum, Coronel Ponce e Pombas.
Pela lei estadual nº 2492, de 24-09-1965, o município de Mutum passou a denominar-se Dom Aquino.
Pela lei estadual nº 2412, de 06-01-1969, criado o distrito de Entre Rios (ex-Colônia Barroso) e anexado ao município de Dom Aquino.
Pela lei estadual nº 3731, de 04-06-1976, é criado o distrito de Entre Rios e anexado ao município de Dom Aquino.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 4 distritos: Dom Aquino, Coronel Ponce, Entre Rios e Pombas.
Pela lei estadual nº 4898, de 02-10-1985, é criado o distrito de Campo Verde e anexado ao município de Dom Aquino.
Pela lei estadual nº 5314, de 04-07-1988, desmembra do município de Dom Aquino os distritos de Campo Verde e Coronel Ponce, para constituir o novo município de Campo Verde.
Em divisão territorial datada de 01-06-1995, o município é constituído de 2 distritos: Dom Aquino e Entre Rios.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.

Alteração toponímica municipal
Mutum para Dom Aquino, alterado pela lei estadual nº 2492, de 24-09-1965.